整体来看北交所的综合收费标准是高于沪深主板市场的，二者只有印花税与过户费保持统一，核心差距集中在交易所固定收取的经手费上，再叠加券商默认佣金的差异，让普通投资者交易北交所标的会承担更高的硬性成本。A股市场的交易成本分为印花税、过户费、交易所规费以及券商佣金四个部分，其中印花税只在卖出环节收取，两个板块执行完全一致的标准，过户费经过调整之后费率也实现统一，这两项费用不存在高低之分，也是很多交易者容易忽略的细节，真正拉开成本差距的只有交易所规费，也就是经手费与证管费的组合费用。
沪深主板的规费由经手费和证管费共同组成，两项费用合并之后双边费率处于固定区间，而北交所没有单独收取证管费，但是经手费的定价高出主板一倍以上，即便经过两轮下调之后，当前的费率依旧明显高于主板水平，这笔费用由交易所固定征收，所有券商都没有调整权限，也是两块市场成本差的核心来源。很多投资者查看交割单时不容易分辨全佣和净佣的区别，部分券商把规费直接打包放进佣金里面，表面上佣金费率差距不大，实际结算时北交所每一笔交易都会多出一笔固定扣费，大额交易能够清晰算出差额，小额交易的成本差距还会被进一步放大。
券商自主收取的佣金同样存在明显区别，主板开户没有资产门槛，市场竞争充分，大部分投资者都可以协商拿到较低的佣金比例，但是北交所需要单独开通交易权限，券商给出的初始佣金普遍设置得更高，不少投资者开通权限之后没有单独申请调整，长期按照偏高费率交易，进一步扩大了整体交易成本。再加上佣金存在最低五元的收费底线，北交所个股单价普遍偏低，很多散户习惯小金额分批买入，每一笔交易都会触发最低佣金规则，相比主板，小额频繁交易模式在北交所会造成收益更快被手续费吞噬，这也是实操过程中很关键的隐性成本。
想要缩小两块市场的成本差距，一方面可以单独向券商申请下调北交所专属佣金费率，把净佣金调整到和主板相近的水平，另一方面要减少碎片化的小额操作，提高单笔成交金额，规避最低佣金带来的额外损耗。虽然北交所整体收费更高，但定位是服务创新型中小企业，个股波动幅度更大，适合中长期布局，短线频繁交易的模式很难覆盖手续费支出，投资者在参与之前，最好在交割单逐项核对扣费明细，区分不可更改的交易所规费和可协商调整的佣金，合理规划交易节奏，降低费率对账户收益的影响。
